pip install fa2

最近在学习scanpy，读scanpy文档的toturial部分的 Trajectory inference for hematopoiesis in mouse 部分的时候，出现了一个错误，在我的 jupyter notebook 运行的时候，出现了一个 warning

WARNING: Package 'fa2' is not installed, falling back to layout 'fr'.To use the faster and better ForceAtlas2 layout, install package 'fa2' (`pip install fa2`).

20230220132521

这个warning会导致我之后绘制的图片与文档中的原图有区别，在执行命令sc.pl.draw_graph(adata, color='paul15_clusters', legend_loc='on data')的时候，可以看到，左边是源文档的图片，右边是我画出来的图片

[{"url":"https://raw.githubusercontent.com/zEpoch/imageHome/main/blog/pip_install_fa2/20230220134938.png","alt":"源文档图片"},{"url":"https://raw.githubusercontent.com/zEpoch/imageHome/main/blog/pip_install_fa2/20230220134917.png","alt":"我的图片"}]

那么便是需要修复这个问题，于是去安装 fa2，pip install fa2，但是出现报错，大概是编译的时候出现了一些问题

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: legacy-install-failure

于是去问了原作者，得到了新的解决方案，在python3.10版本下的安装方式如下：

git clone https://github.com/bhargavchippada/forceatlas2
cd forceatlas2
# having build dependencies installed
pip install . --user

在python3.10的环境下进行编译安装，即可完成，那么完成了安装之后，我们再次重启内核，再次运行分析，可以看到我们的图片和原始文档的图片基本一致

调整一下字体等设置，再进行绘制，就完全一样了